U3プラットフォームではUSBメモリーを使用したPC側に痕跡が残りにくいとかどこかで見た記憶があります。実際、XPのPCで使用する限りではそのようです。
残念ながら管理人は貧乏なのでメインノートPCは未だにW2k SP4です。さらに残念なことにU3 USBメモリー使用開始後のCドライブ、Documents and Settingsフォルダーの下に見慣れぬフォルダーがあります。ボリュームシャドーコピーの痕跡かな？ まぁ特に不都合はないので見なかったことにしておきましょう。
不都合に感じてるのはU3内のプログラムを実行するとATOKの設定がデフォルトに戻ることですね。ユーザー権限周りが違うんでしょうけど。
管理人がU3ダウンロードセンターからインストールしたのはFirefox for U3とThunderbird for U3。ダウンロードセンターに置いてあったのは最新バージョンではなかったのですが、自動更新でバージョンアップしても問題なくU3 USBメモリーで使うことができました。
って、実はトラブルってるのに気付いてないだけかもだけど（ｗ